مسجد حکیم یک مسجد چهار ایوانی است که مربوط به پایان دوره صفوی می باشد.
مسجد حکیم دارای شبستان و محراب می باشد که شبستان اصلی آن، پشت ایوان جنوبی واقع شده. ازاره دیوارها تا ارتفاع ۱/۵ متری بوسیله آجر و کاشی مزین شده اند. در این مسجد طاق نماهایی با تزیینات مشابه با خط بنایی کار شده که شامل کلمات «یاحنان» یا «یامنان» «علی» و غیره می باشد. در زیر سقف گنبد کتیبه ای از محمدرضا امامی دیده می شود. زیباترین و بزرگ ترین محراب مسجد در این شبستان قرار گرفته. عرض تقریبی این محراب ۶/۵ متر، همعرض ایوان جنوبی است.
دو شبستان به ابعاد ۲۲ در ۷/۵ متر، در دو طرف شبستان زیرگنبد وجود دارد. ازاره ها در شبستان جنوب غربی دارای تزیینات آجر و کاشی اند و دیگر نقاط مانند طاق ها، سقف شبستان ها و پشت بغل ها پوشیده از سطوح تزیینی مانند دیگر جاهای مسجد است.
در ضلع غربی مسجد شبستان دیگری معروف به شبستان زمستانی قرار دارد که دارای دو بخش مردانه و زنانه است. شبستان زنانه دارای سیزده ستون با سقف های چهار بخشی می باشد که وسط هر سقف سوراخی برای حفظ گرمای داخل شبستان و جذب نور، وجود دارد. سقف شبستان مردانه خیمه ای است. در دیوار جنوبی شبستان مردانه، محرابی به شکل یک نیم هشت ضلعی پوشیده از کاشی کاری است. همچنین روی پشت بام شبستان زنانه، محراب و یک مهتابی برای نمازگزاران وجود دارد.
